През периода Хеян (794-1185) пътуващите кукловоди, познати като кугуцумаваши обикалят Япония от врата на врата и играят за дарения. При тази форма на улични забавления, която продължава и през периода Едо, кукловодите използват кукли, които могат да бъдат манипулирани само с две ръце и вместо сцена връзват на вратовете си кутии. Смята се, че редица кугуцумаваши се установяват в Нишиномия и остров Аваджи (и двете местности се намират в близост до съвременния град Кобе). През 16 век кукловодите от тези трупи биват извикани в Киото, за да играят за кралското семейство и военния елит. Именно по това време кукловодството се слива с изкуството джорури.
Стилът на пеене джорури произлиза от бива хоши - слепи пътуващи певци. Те са пели "Разказ за Хейке" (епическа поема, която описва войната между родовете Тайра и Минамото), докато са си акомпанирали на бива - вид лютня. През 16 век бива е заменена от шамисен и така се развива стилът джорури. Името джорури идва от едно от най-известните произведения в този стил легенда за любовта между воина Минамото но Иошицуне и красивата лейди Джорури.
През 17 век в Едо (днешно Токио) кукловодството и наративното пеене под акомпанимента на шамисен става все по-популярно като изкуство. Там то спечелва закрилата на шогуна и другите военни водачи. Много от пиесите от това време описват приключенията на Кимпира - легендарен герой, известен със смелите си и странни подвизи. Но не там, а в град Осака, благодарение на таланта на двама мъже: таю (певецът) Такемото Гидаю (1651-1714) и драматургът Чикамацу Мондзаемон, за театърът нингьо джорури започва "златен век".
След като през 1684 г. Гидаю отваря кукления театър Такемотодза в Осака, неговият стил на наративно пеене, наречен гидаюбуши, се налага в джорури. През 1685 г. Чикамацу започва да пише за Гидаю исторически драми (джидаймоно). По-късно за повече от десетилетие той пише пиеси главно за театър Кабуки, но през 1703 г. се връща към театър Такемотодза и от 1705 г. до края на живота си пише изключително за кукления театър. Има много спорове по въпроса защо Чикамацу започва да пише пиеси за театър Кабуки и после отново се връща към бунраку. Може би това се дължи на факта, че пиесите и актьорската игра в театър Кабуки са относително близки до бунраку. По това време много актьори от Кабуки възприемат пиесите единствено като основа, която могат да развият и подобрят със собствената си талантлива игра.
През 1703 г. Чикамацу въвежда нов стил в кукления театър - домашната драма (сева моно), която носи на Токемотодза нови успехи. След около месец чиновник и куртизанка правят двойно самоубийство и Чикамацу описва инцидента в "Самоубийства от любов в Сонедзаки". Конфликтът между социалния дълг (гири) и чисто човешките чувства (нинджо) в тази пиеса трогват публиката от това време и стават основна тема в пиесите за куклен театър бунраку.
Домашните пиеси като тези на Чикамацу за любовни самоубийства стават любима тема в театъра. Историческите обаче продължават да бъдат играни и стават все по-усложне-ни, тъй като публиката очаква да види в тях психологическата дълбочина на домашните пиеси. Типичен пример за това е пиесата "Канадехон Чушингура", която е може би най-известната от бунраку. Сюжетът се базира на истинска история за 47 ронина (самураи без господар) от периода 1701-1703 г. За първи път тя е поставена на сцена 47 години по-късно през 1748 г. Феодалният господар Асано Наганори е принуден да се самоубие, а кланът му се разпуска, тъй като той изважда меч в двореца в Едо като отговор на обида, нанесена му от Кира Иошинака - главен протоколист на шогун Токугава. Две години по-късно неговите 47 верни слуги замислят заговор и отмъщават за господаря си като убиват Кира. Въпреки че инцидентът става преди много години, драматурзите променят времето, мястото и имената на героите, за да не обидят шогун Токугава. Тази известна пиеса бързо бива адаптирана и за театър Кабуки и днес е една от най-важните в репертоарите и на двата театъра.
През целия 18 век театър Кабуки и кукления театър бунраку са едновременно и "конкуренти" и "съмишленици". По отношение на играта, актьорите от театър Кабуки започват да имитират характерните движения на куклите от бунраку, както и стилът на наративно пеене на таю, а същевременно кукловодите въвеждат пищната украса от театър Кабуки в куклените представления. По отношение на пиесите, много от тях, писани за бунраку и особено пиесите на Чикамацу биват адаптирани за театър Кабуки, а пищните пиеси от Кабуки се поставят като на сцената на кукления театър бунраку.
В края на 18 век кукленият театър е засенчен от Кабуки и сцените му са затворени с изключение на театътър Бунракудза. След Втората световна война бунраку разчита единствено на подкрепата на правителствата за оцеляването си, въпреки че популярността му през тези години нараства. Днес, под шефството на Асоциация Бунраку, в Националния театър в Токио и в Националния бунраку театър в Осака редовно се поставят куклени пиеси, а куклените представления по време на световни турнета на театрите се посрещат ентусиазирано по целия свят.