Класата на воините започва да придобива все по-голямо влияние през периода Камакура (1185-1333 г.). Влиянието на Дзен свещеници от Китай също се отразява на жилищното строителство и градинарството. Не било прието военният елит да организира великолепни градински приеми. Аристократите предпочитали да се радват на градините си седейки вкъщи. Градините били проектирани преди всичко за съзерцание. В този период се появили градинари-свещеници ишитатесо (буквално преведено "монаси поставящи скали").
Счита се, че златният век на японската градина настъпва през периода Муромачи (1333-1568 г.). Тогава се появява нов стил - каресансуи (пресъхнал планински поток), създаден от опитни майстори градинари, наречени сензуи каварамоно (ваятели на планини, потоци и реки). Силно повлияни от дзен будизма, тези градини се характеризират с доведените до крайност абстракции: групи скали представляват планини или водопади, а белият пясък изобразява течаща вода. Стилът на тези градини, които не могат да се видят никъде другаде по света, вероятно е повлиян от китайските гравюри, изобразяващи пейзажи с голи планински върхове и сухи речни корита.
Примери на този стил са скалните градини в храмовете Рьоанджи и Дайтокуджи в Киото. Скалната градина Дайтокуджи се състои само от 15 скали и бял пясък върху равна земя и е типичен пример за равнинна градина. Те пресъздават градински теми, свързани с морето. Езерата са оформени с помощта на камъни, дървета, каменни светилници, водни басейни и кладенци.
Освен това градините от този период са повлияни от архитектурния стил, наречен шоинзукури, който включва токонома (алков), чигайдана (шахматни рафтове) и фусума (хартиени плъзгащи се врати) и е първообразът на съвременните японски къщи в традиционен стил. При стила каншо или закан (съзерцание) зрителят се намира в шоин, стая в сградата шоинзукури, която е композирана като картина и предразполага към продължително съзерцание.
Чайната градина, олицетворяваща тишина и спокойствие, се развива заедно с чайната церемония, основана от Сен но Рикю (1522-1591 г.). При създаването на чайната градина се избягва всичко изкуствено и се запазва естествената природна гледка. Минава се през градината, за да се стигне до чайната къща. Съвременните японски градини включват доста елементи, наследени от чайната градина, като каменна пътека, каменни светилници и групи от дървета. Семплите белведери, където се сервира чай на гостите, също произхождат от чайната градина.