Смята се, че кьоген е пренесен от Китай в Япония през 8 век или по-рано. През следващите няколко века от тази форма на забавление се оформя течението саругаку и в началото на 14 век в саругаку ясно се отделят два стила: сериозни пиеси но и хумористични пиеси кьоген. Като елемент от театър но кьоген е под покровителството на военната аристокрация до реставрацията на Мейджи (1868 г.). Оттогава традицията на кьоген се продължава от фамилни трупи главно от школите Изуми и Окура. Днес професионалните кьоген актьори изпълняват пиесите самостоятелно и като част от програмите на театър но.