Флората на Япония се характеризира с голямо разнообразие на видовете. Има около 4500 местни растителни видове в Япония (3950 покритосеменни, 40 голосеменни, 500 папрати).

    Около 1600 покритосеменни и голосеменни са характерни за Япония. Растителното многообразие се дължи на разнообразния климат, характерен за японския архипелаг, който се простира по протежение на 3500 км от север на юг. Основната климатични характеристики е широкият температурен диапазон и значителните валежи, на които се дължи богатата и многообразна растителност. На климатът се дължи и фактът, че почти 70% от Япония е покрита с гори. Листата на дърветата променят цвета си през отделните сезони.

    Растителността се разпределя в следните пет климатичните зони, всяка от които се намират в умерения пояс на Източна Азия са: (1) субтропична зона, включваща островите Рюкю и Огасавара; (2) топла температура зона, характеризираща си с широколистни вечнозелени гори, която обхваща по-голямата част от южната част на Хоншу, Шикоку и Кюшу.Типични за нея са дърветата шии и вид дъб „каши”(3) Зона с прохладна температура, за която са характерни широколистните гори, която обхваща централната и северната част на Хоншу и югоизточната част на Хокайдо. Японският бук и други широколистни дървета са често срещани тук, (4) субалпийската зона, която включва централната и северна част на Хокайдо. Характерни за нея са елата „Sakhalan” и смърчът „йессо”; (5) Алпийската зона в планините на централно Хоншу и централната част на Хокайдо, се характеризира с растения от алпийски тип, като „комакуса” (Dicentra peregrina).

    Мацу и sugi, японският бор и кедър, съответно са често срещани в целия Японския архипелаг. Те са добре познати на японския народ дори и в топлите южни райони. Пиниите често оформят прекрасни природни пейзажи. Едно от най-забележителните и живописни места е Аманохашидате в префектура Киото, с над 6000 пинии, които служат и за преграда на пясъчните наноси от брега. Огромните пинии, които растат до максимална височина от около 40 метра, служат и като преграда срещу вятъра в крайбрежните райони. Малките пинии се използват като Бонсай в градинските дворове, както и като материал за къщи и мебели.

    Пиниите също се считат за свещени дървета. Хората в миналото са били поразени от красотата на природата и са съзирали в растенията и дърветата символи на божества. През определени периоди, например, често са се прекланяли пред вечнозелени дървета като бор, кедър и кипарис, защото са смятали, че в тях живеят изпратени от небето божества. Все още, е традиция на Нова година, входните върти към къщите да се декорират с борови клонки „кадомацу”, което в буквален превод означава "порта от пинии", с убеждението, че това е подходящ начин да посрещнем боговете.

    Ако има растение, което най-добре представя Япония, това е японската вишна „сакура”. Сакура, която е родена в Япония, е любима на японския народ от дълбока древност до наши дни. В нашето съвремие японците се радват на цъфтежа на вишневите дървета през пролетта, не само по време на празника за съзерцаване на вишневия цвят, известен като „ Ханами”, но и при церемонии по случай началото на новата учебна година, които са през пролетта. Емисиите с прогнозите за времето по телевизията и във вестниците показват диаграми с регионите, в които е започнал цъфтежът на вишните, който се премества постепенно от южните острови Окинава до северния Хокайдо. Есента, когато листата са живописно обагрени, е друг повод за преклонение пред природата.

    В унисон с твърдението, че стотици години наред хората са слушали музика и танци под обагрените дървета, днес най-вече хората от големите японски градове се качват групово на коли и влакове в търсене на ярките, есенно обагрените цветове, особено тези на кленовото дърво.

    В индустриализирана Япония днес, растенията не представляват това, което са били в миналото, нито пък имат същата важност, както в отминалите дни. След масивна експлоатация на природата, нехайно изсичане на дървета, и разпространение на замърсяването, хората като цяло осъзнаха, че е необходимо опазване и възстановяване на естествената околна среда.

    Много животински видове, които не се срещат в съседните държави са включени във фауната на Япония.

    Подобно на растителното многообразие, което се обуславя от различните климатични условия от север на юг, по същия начин и японските острови се обитават от най-различни видове животни в зависимост от контрастите в климата. Тук се срещат тропически животни, характерни за Югоизточна Азия, животни, които се срещат в умерената зона на Корея и Китай, и животни, които се обичайни за субарктичната зона на Сибир. Ярко оцветени тропически риби, коралите, костенурките и морските змии процъфтяват в тропическите морета на островите Рюкю- днешна Окинава. Те са също дом и на морски тревопасни и черното морско свинче. В морето на север от централната част на остров Хоншу се срещат морски лъвове, клюнести китове и др.. Аrcticregion, животински вид, наподобяващ моржа, понякога посещава Хокайдо, североизточният край на който е разположен срещу Охотско море.

    Сушата на разположените в най-южната точка на Япония острови Рюкю е населена предимно от тропически животни като гребестия орел, летящата лисица, и променливият гущер. Континенталната част на островите Хоншу, Шикоку и Кюшу се обитава от „тануки” (миеща се мечка), сърни, и патици „Мандарин”, които са типични за широколистните гори на Корея, както и централната и северната част на Китай. От Сибирски иглолистни гори са пренесени кафявата мечка, лещарката и гущера.

    Разпределението на животинските видове не е било непрекъснат процес, тъй като исторически японските острови многократно са се разделяли и присъединявали към азиатския континент. На това се дължи и сложният процес на миграция на животинските видове. Освен това, животните, открити в някои части на Япония не винаги са същите като тези, намерени в аналогичните области на континента. Много от тях се срещат само в Япония.

    Сред видовете, които са ендемични за японските острови са японският сънливец, японският макак, меден фазан, японският гигантски саламандър и примитивните водни кончета. По същия начин, на островите Рюкю, които според учените са се отделили много по-рано от континента живеят кълвачът „ Pryer” и бодливата мишка „Амами”. Полуостров Шимокита, в северната част на Хоншу, е най-северното местообитание в света на различни видове маймунки. В дълбоките морета се срещат раци под формата на подкова, миди с цепнатини и акули. Сред останалите японски водни животни, са гигантският паяк, най-голямото разнообразие от раци, както и сладководният японски гигантският саламандър, най-големият амфибия на земята, за който се счита, че живее почти 50 години. Японските острови са обитавани и от най-различни видове азиатски земни саламандри, цикади и водни кончета. Само континенталната част се обитава от осем вида пеперуди с лястовичи опашки.

    Много животински видове в Япония, обаче, са пред изчезване. Например, японският гребенест ибис (Nipponia Nippon) е изчезнал през 1997 година. Сред застрашените видове са котката „Ириомоте” (Mayailurus iriomotensis), японската видра (Lutra Nippon), албатроса (Diomedea albatrus) и щъркела (Ciconia boyciana).

    Животинските видове са важни фигури в културата на Япония. Китайската класическа литература е източник на много от вярванията в праисторическите и древни периоди за различни животни, възприети и от японците. Японският елит възприема от китайския, такива традиционни символи на животните като жеравите и костенурките (за щастие и дълголетие), лястовиците, които са верни и винаги се завръщат. Някои от животните намират специално място във фолклора на Япония. „Тануки” (миещата мечка), която е често срещана в близост до селата, по традиция се счита за странно създание със свръхестествени сили. В старите приказки „тануки” често омагьосва хората, въпреки че неговите трикове са повече страшни, отколкото зловредни. В действителност, той често е изобразен във вид на фигурки като доста комично животно с голям корем и огромни тестиси, носещо бутилка саке.

    Лисицата също се счита за животно със свръхестествени сили, както и пратеник на „Инари Мьоджин”, божествен покровител на селското стопанство. Лисиците са считани за умни и хитри. В по-стари времена са вярвали, че те правят магия на хората, които пътуват през нощта, а понякога, че дори обсебват хората и ги подлудяват. Вярването „Инари” съществува и до днес. На лисицата са посветени светилищата „Инари” в цялата страна. Будистките учения също са оказвали влияние на отношението на хората към животните. До края на деветнадесети век, например, японците не са си позволявали да използват за храна четириноги животни заради техния протеин. Консумирали са предимно риба. Това се дължи на древната китайска календарна система, състояща се 12-годишен зодиакален цикъл, в който всяка година отговаря на някое от следните животни: плъх, вол, тигър, заек, дракон, змия, кон, овца, маймуна, петел, куче и глиган. Например, 2010 година бе годината на тигъра, а 2011 –годината на заека. Дори в днешна Япония, почти всеки виртуално асоциира годината на своето раждане с определено животно от този 12-годишен цикъл. Например, ако някой каже, "Аз съм роден в годината на коня", се предполага, че неговият характер и късмет в живота са повлияни от животното, представител на неговата година на раждане.