Япония е островна страна, която образува дъга в Тихия океан, на изток от азиатския континент. Територията й се състои от четири големи острови, които в низходяща последователност по площ са: Хоншу, Хокайдо, Кюшу, Шикоку, заедно с много други по-малки острови около тях. Тихият океан се намира на изток, а японско и източно китайско море разделят Япония от азиатския континент. Япония се намира приблизително на една и съща географска ширина със Средиземно море и с град Лос Анджелис в Северна Америка. Париж и Лондон са на север от северната част на Хокайдо.

    Япония е разположена на площ от 378 000 кв. км. Територията й е приблизително като тази на Германия, Финландия, Виетнам, или Малайзия. Това е само 1/25 от територията на САЩ и малко по-малко от територията на щата Калифорния. Крайбрежната ивица на Япония е доста разнообразна. На места, като например край Куджукурихама в префектура Чиба има дълги пясъчни плажове, които продължават без прекъсване близо 60 километра. Докато крайбрежието на Префектура Нагасаки се характеризира с полуострови и заливи и офшорни острови като архипелага Гото и островите на Цушима и Ики, които са част от същата префектура. Има също редица области на брега с много заливи и стръмни скали, дължащи се на потъване на част от крайбрежието в миналото поради промени в земната кора.

    Топлото океанско течение, известно като Курошио или Японско течение, преминава североизточно покрай южната част на Японския архипелаг и част от него, известно като течението Цушима, се влива в Японско море покрай западното крайбрежие на страната. От север, студеното течение известно като Ояшио, или течението Чишима, преминава южно по източния бряг на Япония, и част от него, наречено течението Лиман се влива в японско море от север. Смесването на тези топли и студени течения способства за изобилието от рибни ресурси във водите на Япония.

    Около три четвърти от територията на Япония е планинска. Област Чубу в централно Хоншу е известен като "покрива на Япония". Състои се от планински вериги с височина над 3000 метра. Най-високата планина в Япония е Фуджи -три хиляди седемстотин седемдесет и шест метра.Намира се на границата на префектурите Яманаши и Шизуока. Вторият по височина връх в Япония е Китадаке е в префектура Яманаши. Висок е 3192 метра. Третият по-височина връх Хотакадаке е 3,190 метра. Намира се на границата между префектурите Нагано и Гифу.

    Тъй като е разположен по протежение на вулканичен пояс в тихоокеанския регион, Япония има няколко вулканични зони. Те са седем на брой, от най-северната до най- южната точка. От общия брой на вулканите, около 80 са активни, включително вулканът Михара в Изу, остров Ошима; вулканът Асама, на границата между префектурите Нагано и Гунма, вулканът Асо в префектура Кумамото. От приблизително 840 активни вулкани по света 1/10 се намират в Япония, въпреки че страната заема само l/400 от площта на земното кълбо. Вулканът Фуджи, който е заспал след последното си изригване през 1707 г, те се очаква да изригне отново поне през нашия живот.

    Въпреки, че вулканите могат да нанесат големи щети при силни изригвания, те представляват неизменна част от туристическия ресурс. Пътешествия в области като Никко, Хаконе и полуостров Изу, например, са известни заради горещите минерални извори и атрактивния пейзаж на вулканичните планини.

    Тъй като всички тези вулкани свидетелстват, че земната кора под японския архипелаг е нестабилна и пълна с енергия, Япония е сред най-често засегнатите от земетресения страни. Всяка година има около 1000 земетресения, които са достатъчно силни, за да се усетят. През януари 1995 г, по време на силното земетресение Ханшин-Анаджи загинаха около 6000 души, ранените бяха над 40 000, а 200 000 останаха без дом. При едно от земетресенията в префектура Ниигата през октомври 2004, загинаха над 60 души, а повече от 4700 бяха ранени. През март 2011 г, земетресение с магнитуд от 9-та степен връхлетя бреговете Санрику, в област Тохоку, в североизточна Япония край Тихия океан. В резултат от земетресението и последвалите вълни цунами, достигащи над 10 метра на места, крайбрежието в обширна област от Тохоку до Канто, бе силно засегнато. Броят на загиналите и безследно изчезнали след земетресението и вълните цунами достигна близо 20 хиляди души.

    Планинската част на Япония е благословена от много реки. Повечето от реките в Япония са бързотечни. След като преминат през планински долини и басейни, не след дълго водите им се вливат в океана. Един пример за "бързотечни" речни потоци е река Куробе, която извира, на височина над 2,900 метра в японските Алпи и само след 83 километра се влива в японско море.

    Най-дългата река в Япония е река Шинано, която протича 367 километра от планините в региона Чубу, пресича префектура Ниигата и се влива в Японско море. Втора по дължина е река Тоне, която тече през равнината Канто и се влива в Тихия океан. Третата по дължина река е Ишикари в Хокайдо, от 268 километра. Много от реките, които се спускат от планинските райони са допринесли съществено за топографското оформяне на Япония, създавайки малки и големи долини и басейни и ветрилообразни делти около устията, в които се вливат в морето. Повечето от равнините в страната са малки. Най-голяма по площ е равнината Канто, която обхваща части от префектурите Точиги, Ибараки, Гунма, Сайтама, Чиба, Токио и Канагава. Други сравнително големи области с равнинна земя са равнината Ечиго в префектура Ниигата, равнината Ишикари на остров Хокайдо и равнината Ноби в префектурите Аичи и Гифу.

    Основна характеристика на климата в Япония са ясно изразените температурни промени през четирите сезона. От север на юг, Япония обхваща широк диапазон с географска ширина от около 25 градуса, който през зимата се влияе от сезонните ветрове от Сибир, а лятото от сезонните ветрове от Тихия океан. Въпреки, малката си площ, Япония се характеризира с четири различни климатични пояса.Хокайдо, е със субарктичен климат, със средна годишна температура от осем градуса по Целзий и средна годишна сума на валежите от 1150 мм. Тихоокеанската част на Япония, която се простира от региона на Тохоку в северната част на Хоншу до остров Кюшу, принадлежи към умерения климатичен пояс и се характеризира с горещите си лета, повлияна от сезонните ветрове от Тихия океан. Онази част от Япония, която е от страната на Японско море е с влажен климат с повече валежи от дъжд и сняг, които се дължат на сезонните ветрове, които носят студ и влага от континента и се спират от централните японски Алпи и други планини, които са разположени като гръбнак през централните части на Япония. Югозападната част на островите в префектура Окинава принадлежат към субтропичния климатичен пояс и имат средна годишна температура от над 22 градуса и валежи от над 2000 мм на квадратен метър.

    Когато зимата наближи своя край, студените сезонни ветрове от континента отслабват и духат с прекъсвания. По това време, въздушните маси с ниско налягане от Китай навлизат над Японско море и предизвикват силни, топли, южни ветрове, които се насочват срещу зоните с ниско налягане от Тихия океан. Първият от тези ветрове е известен като Хару Ичибан. /Първи пролетен вятър/. Макар да е предвестник на топлото време и настъпващата пролет, понякога той предизвиква лавини, а когато премине над планините от страната на японско море, често пъти причинява изключително горещо и сухо време и може дори да се превърне в причина за големи пожари. В началото на пролетта, сливовите цветчета започват да цъфтят, последвани от цветовете на прасковата, а през последните десет дни на март започва да цъфти и така обичаната от японския народ сакура /вишна/.

    Преди да настъпи лятото, в Япония има влажен дъждовен сезон, известен като цую /tsuyu/. От май до юли, са характерни въздушни маси с високо налягане и хладен въздух над Охотско море в северната част на Япония, а над Тихия океан се развива област с високо налягане и топъл и влажен въздух. По протежение на линията, където тези студени и топли въздушни маси се срещат, известна като „баю зенсен” или „дъждовен въздушен фронт", често се развиват области на ниско налягане, с топъл въздух. Така дъждовният въздушен фронт, който се простира от южната част на Китай и преминава през Японския архипелаг, причинява периоди на продължителни валежи. След средата на юли, въздушните маси с високо налягане над Тихия океан стават преобладаващи и настъпва края на дъждовния сезон, тъй като дъждовният въздушен фронт се премества на север. Сезонните ветрове от Тихия океан донасят топъл, влажен въздух и в Япония настъпва горещо лято с преобладаващ брой дни, когато температурите се покачат над 30 градуса по Целзий.

    От края на лятото до края на септември, Япония често е връхлитана от тайфуни. Тайфуните се пораждат от големи маси тропически въздух с ниско налягане в Тихия океан, в Северното полукълбо с географска ширини между 5-тия и 20-тия паралел. Те са природно явление наподобяващо ураганите и циклоните в други части на света. След като тайфунът започне да се заформя, той се движи постепенно на север. Всяка година, през този период, възникват около 30 тайфуни, от които средно поне 4 връхлитат Япония и понякога причиняват големи разрушения.

    От средата или втората половина на октомври, Япония се радва на ясно и хубаво време, които е нито горещо, нито студено. Особено хубаво е времето в началото на ноември. Много от дърветата се обагрени в ярки есенни цветове. Есента, както и времето на новата зеленина през пролетта са едни от най-красивите сезони.

    Към края на ноември, от континента над Япония започват да духат студени ветрове. Тези северозападни ветрове поглъщат влагата над японско море, която се изсипва във вид на дъжд и сняг в западната част на Япония, тъй като настъплението им на Изток се затруднява от билото на планинските вериги, които минават през централната част на страната. Регионът на Хокурику, който обхваща префектурите Фукуи, Ишикава, Тояма, и Ниигата, които са с изглед към японско море и са отделени от другите региони на Япония от високи планини, са известни с дълбоки снегове. От друга страна, регионите край Тихия океан се радват като цяло на ясно небе през зимния сезон. В Токио въпреки ясното небе, средните зимни температури са около 5 градуса, разлика от 25 градуса от летните температури, които достигат над 30 градуса. Островите в префектура Окинава, разположени далеч на югозапад имат субтропичен климат с по-слабо изразени температурни разлики между сезоните. Зимните температури там са много по-умерени, отколкото в останалите части на страната.