Японската система на местно самоуправление е основана на два основни принципа. Първо, тя дава право за установяване на автономни местни публични органи, които са, до известна степен, независими от националното правителство. Второ, тя следва идеята за ‘самоуправление на гражданите’, според която жителите на тези райони участват и се занимават, до известна степен, дейностите на местните публични органи. Японската система на местно самоуправление произлиза от периода преди Втората световна война, основно от идеята за автономни местни органи. След войната, концепцията за гражданско самоуправление беше обединена до голяма степен.

    Основните принципи на японското местно самоуправление са определени в Закона за местната автономност (Чихо Джичи Хо), който дава специфична правна валидност на принципа за местна автономност, както е определен от глава VIII от конституцията на Япония. Законът за местната автономност определя типовете и организационната рамка на местните публични органи, както и основните рамки за тяхното управление. Той също определя основните отношения между тези местни органи и централната власт.

    Японските основни местни селища, и именно големите градове, градовете и селата (шичосон), специалните градски райони на Токион (токубецуку) и префектурите (тодофукен) се наричат местни правителства. Към октомври 2011г., в Япония има 786 големи града (ши), 752 града (чо) и 184 села (сон), общо 1 722 шичосон. В допълнение с 23те специални градски райони на Токио, този брой става 1 743. Япония има 47 префектури: 1 то (Токио то), 1 до (Хокайдо), 2 фу (Осака Фу и Киото Фу) и 43 кен.

    Министерството на вътрешните работи и комуникациите е централният правителствен орган, който контролира делата на местните правителства, като по тези въпроси отговарят главно три министерски бюра. Бюрото по местна администрация отговаря за локализацията, общинската консолидация, системите за местни служители, изборните системи, градоустройството и насърчаването на местната употреба на информационни технологии.

    Бюрото по местни финанси се занимава с местните финансови системи, местните финансови планове, местните ценни книжа, местните финансови състояния и местните публични предприятия.

    Бюрото по местни данъци отговаря за префектурните данъци, общинските данъци, фиксираните имотни данъци и други местни данъци.

    След Втората световна война, в съответствие с конституцията и Закона за местната автономност, японските местни правителства получиха широко признание на тяхната автономност, и на формално ниво, и на операционно ниво по отношение на тяхното взаимодействие с централното правителство. Въпреки, че се считат за автономни, източникът на тяхното финансиране и ориентация идва от централното правителство, което упражнява контрол по различни начини.

    През април 2000г., пакет от законови промени относно децентрализацията беше приложен, който делегира широк кръг от административни операции от централната власт на местните власи. Като част от намаляване на системата от централен правителствен контрол на местната администрация, значителна част от Закона за местната автономност беше променена. За да подобри нивото и ефективността на административните услуги на местно ниво и така да помогне на местните власти да се справят по-добре с делегираната власт и да се справят с проблеми като застаряващото население и лошата фискална ситуация, националното правителство активно насърчава консолидацията на големите градове, градовете и селата в по-големи единици.

    През август 2002г., правителство осъществи Системата за основен регистър на жителите. Тази система свързва основните регистри на жителите, които служат за основа на административните дейности на местните власти. Целите на системата са да повиши административната ефективност и да подобри нивото на услуги предлагани на всички граждани.

    Както е посочено в Закона за местната автономност, префектурите са административно оглавявани от губернатори (чиджи), а градовете и селата се управляват от кметове. Тези официални лица представляват местната власт в нейните външни дейности и служат като изпълнителна позиция по отношение на израните местни съвети, форумите за обсъждане на местните въпроси. Губернаторите и кметовете се избират за четиригодишни мандати чрез директен вот и отговарят на местното население.

    Местните съвети се състоят от членове, избрани от местните избиратели. Функциите им включват приемането или отменянето на местни наредби, определяне на бюджета на местните правителства и одобрение на уреждането на сметки. Те също така проверяват работата, предприета от местните органи по тяхна инициатива или когато е делегирана от органите на централното правителство. По същия начин, те изискват одити от одитните комисии на местното правителство и се изказват за избора на важни местни официални лица (вицегубернатори, заместник кметове и т.н.). Тяхната работа се извършва главно от постоянни комисии (джонин иинкаи).

    Като органи за обсъждане и вземане на решения, местните парламенти, заедно с изпълнителните органи, намиращи се в офисите на губернаторите и кметовете, са най-важната част на местното правителство. Въпреки това, се посочва, че автономните инициативи и дейности на тези парламенти са неадекватни, тъй като мнозинството от предложенията, които те обсъждат, са всъщност първоначално написани и представени от службата на губернатора или кмета.

    Ръководителите на местните правителства се избират директно от населението, в контраст на непрекия начин, по който министър председателят се избира, именно чрез гласовете, дадени от членовете на парламента. Местните парламенти, които са органи за обсъждане и вземане на решения, и ръководителите на местните парламенти, които са, така да се каже, изпълнителните органи, се избират от местните граждани и са паралелни. Установяването на този демократичен модел има за цел да допринесе за реализацията на адекватно само управление чрез взаимните проверки, които парламентите и ръководителите си правят.

    Хората, които работят в местните властни на или под префектурно ниво се наричат местни държавни служители. Този термин обикновено се отнася към лица на обикновени постове държавна служба и изключва такива специални постове като губернатор, вицегубернатор, кмет, заместник кмет, главни счетоводители и т.н. Делата, свързани с наемане, възнаграждение и условия на труда на местните държавни служители се решават според наредби, които са подобни на тези, отнасящи се за националните държавни служители и които са определени в Закона за държавните служители.

    В отговор на специалните административни нужди на по-големите градове, Законът за местна автономност определя за тях няколко специални правила, които се различават от тези, отнасящи се за обикновените големи градове, градовете и селата. Чрез правителствени наредби, големите градове могат се включат в различни категории, като най-голямата е ‘сеиреи шитеи тоши’, с население над 500 000 души (повечето са с над 1 милион души). Към април 2010г., има 19 такива големи градове (националната столица, метрополитен Токио е категория сам по себе си); те са: Сапоро, Сендай, Сайтама, Чиба, Йокохама, Кавасаки, Сагамихара, Нигата, Шизуока, Хамамацу, Нагоя, Киото, Осака, Сакай, Кобе, Окаяма, Хирошима, Кита Кюшу и Фукуока.

    В тези градове, властта над 18 категории публични дейности (благоденствие, хигиена, планиране на градската среда и т.н.), които обикновено са под администрацията на префектурата и губернатора й, е прехвърлена на механизмите за вземане на решение и администрация на града. Допълнителното законодателство прехвърля и други елементи от префектурния контрол и правомощия на тези градове, като в резултат те считат за равни с префектурите. Всеки от тези големи градове е разделен на няколко градски района, за да улесни работата на градската администрация, и всяко географско подразделение има местен офис с районен началник и други държавни служители.

    Втората категория е ‘средищен град’ (шукаку ши), който трябва да има населени от поне 300 000 жители, и ако населението е под 500 000 души, площта му трябва да бъде поне 100 квадратни километра. Чукаку ши, които бяха 41 към април 2011г., са делегирани с почти толкова отговорности, колкото първата категория, с изключение на функциите, които се изпълняват по-ефективно на префектурно ниво.

    Третата категория на е на ‘специален град’ ( токурей ши), който трябва да има население от поне 200 000 жители. Специалните градове, които бяха 40 към Април 2011г., имат степен на суверенност подобна на тази на средищните градове в областите на администрация на опазване на околната среда и градско планиране.

    Като отделни подразделение на Метрополитен Токио, 23 токийски района (ку) в миналото бяха подложени на редица ограничени относно техните административни и фискални правомощия, в сравнение с големите градове (ши). Въпреки това, реформите, извършени през април 2000г. определиха районите като местни публични формирования на ниво, подобно на това на големите градове.

    Всяка година кабинетът трябва да изготви документ с общата очаквана сума приходи и разходи на местните правителства за следващата фискална година . Този документ трябва да се обяви публично и да се предаде на парламента. Обикновено наричан местния финансов план, той става главна насока за финансовите операции на местните власти. Местният финансов план достигна 101.6 трилиона йени през фискалната 1999г. Оттогава, той намалява всяка година, достигайки 82.5 трилиона йени през фискалната 2011г. Около 60% от общите обществени разходи на държавата отиват за местните правителства.

    Местните данъци (чихозей), които съставляват автономен източник на приходи за местните правителства, се събират от местните администрации в границите на техните правомощия за облагане с данъци. Има и префектурни данъци, и такива, събирани от големите градове, градовете и селата. Двата типа данъци са подразделени на категории на данъци с определена цел, за да се употребяват за специално определена цел; и обикновени данъци, чиято употреба не е специално определена. Система за местни данъци за потребление беше започната през 1997г., като начин за увеличение на финансовите ресурси на местните властни за насърчаване на местната автономия.

    Между фискалната 2004г. и 2006г. беше изпълнена ‘тройната реформа’ на системата за местни данъци. Като резултат, местните данъци се увеличават постепенно и през фискалната 2007г. те са представлявали 43.3% от всичките правителствени приходи. Дефицитът е предизвикан от други източници, особено други местни данъци (чихо кофузей и чихоуджойозей; 17.8%), плащания към държавната хазна (кокко шишуцукин; 11.2%) и ценни книжа на местните правителства (чихосай: 11.8%).

    Данъците за местно разпределение се използват от централното правителство като начин за приспособяване на местната финансова администрация с цел осигуряването на определено ниво на административно равенство в цялата страна. Парите се разпределят като основни приходи, които местните парламенти могат да използват по какъвто начин решат.

    В частност, тройните реформи доведоха до значително намаление на данъците за местно разпределени (от около 5.1 трилиона йени). От друга страна, около 3 трилиона йени бяха прехвърлени от централното на местните правителства чрез намаление на данъците на доходите (национални данъци) и увеличение на индивидуалните данъци за жителство (местни данъци). Реформата на държавните субсидии също беше проведена с резултат намаление от 4.7 трилиона йени. Реформите също изясниха съответната тежест поета от централното и местните правителства във връзка с приноса към обществени проекти под директния контрол на националното правителство, едно дългосрочно искане на местните парламенти. Като резултат, местните правителства допринесоха с около 641.5 милиарда йени за такива проекти през фискалната 2011г.

    Японското местно самоуправление предполага директна демокрация, непозната на национално ниво. Например, след събиране на подписите на 2% от регистрираните избиратели в даден район, жителите могат да поискат от оглавяващите местната власт да издадат, променят или забранят дадена наредба. Или, със същия процент подписи, местните жители могат да поискат местна одитна комисия да проведе одит на работата, извършена от местен публичен орган или местен избран лидер. Със събиране на подписите на една трета или повече от регистрираните избиратели, могат да се издигнат петиции към местните избирателни комисии да разпуснат местните парламенти или да освободят избран лидер или местно официално лице. Освен тези видове директни петиции, на местните жители се гарантира от конституцията (чл.95) правото да гласуват пряко специални закони, валидни само до една местна единица.

    Като резултат на промените в политическата среда и местното политическо съзнание, все по-голям брой местни правителства издават наредби за гласуване, които позволяват на избирателите да гласуват с да или не по отношение на важни местни въпроси. Тази тенденция не се основава на Закона за местната автономност, а на конституционното право за издаване на местни наредби. В момента, местните наредби са издавани по този начин по отношение на въпроси като строежа на атомни електроцентрали, планове за запълване на крайморски блатисти местности, продължаващото присъствие на американски военни бази, строежа на сметища.

    Като отражение на нуждата за отговор на оплакванията на гражданите от местното правителство, бяха установени системи за наемането на местен омбудсман със задачата да разследва аспекти на местната администрация, като първата такава система беше създадена през 1990г. в град Кавазаки в префектура Канагава. Омбудсманът има необходимите правомощия за разследване за разрешаването на оплаквания, и в случаите, в които се реши, че има причините за оплакванията са основани на систематични дефекти или административни недостатъци, омбудсманът ще публикува гледната си точка и ще посъветва местния административен началник да разреши проблемите.