Замърсяването на околната среда в Япония съпровожда индустриализацията от периода Мейджи (1868-1912). През 1960те заболявания, причинени от отпадната вода и замърсяването на въздуха от фабриките, бяха открити на места из цяла Япония. Строгите мерки за опазване на околната среда, които бяха въведени впоследствие намалиха степента на замърсяването. Много важни въпроси все още остават да бъдат решени, както например, намаляване на емисиите на парникови газове и на емисиите на частици и увеличаване на рециклирането на промишлени и битови отпадъци. Глобалните екологични проблеми като разрушаването на озоновия слой и глобалното затопляне не могат да бъдат решени само от една страна, така че е ясно, че все повече е необходимо сътрудничеството на всички страни за защита на околната среда. Япония играе активна роля в това глобално усилие.

    Третата сесия на Конференцията на страните към Рамковата конвенция на ООН по изменение на климата (COP3) се проведе в Киото през декември 1997 г. По време на конвенцията беше прието регулиране на емисиите на въглероден диоксид и други парникови газове за периода от 2008 г. до 2012 г. по Протокола от Киото. Япония ратифицира протокола през юни 2002. Въпреки че САЩ отказа да ратифицира, ратификацията на Русия през 2004 г. означава, че критериите, необходими за официалното прилагане са изпълнени, така че договора влезе в сила през февруари 2005. Япония прилага широк спектър от инициативи в опит да се създаде "нисковъглеродно общество" с здравословна околна среда и стабилна икономика.

    Управителя на префектура Кумамото обяви нивата на живак в рибата и морските дарове от залива Минамата за безопасни за консумация на 29 юли 1997. Декларацията на областният управител отбеляза пълното премахване на мрежата, която в период на 23 години попречи на замърсената с живак риба в залива да влиза в морето, като част от усилията за ограничаване на болестта Минамата, причинена от замърсяване на околната среда.

    Органичен живак (съединение на метил и живак) е изхвърлян от фабриката Чисо Минамата в залива Минамата в продължение на повече от 30 години до 1966, отравяйки хора и животни. Основните симптоми на болестта Минамата (отравяне с органичен живак) са тремор (неволно треперене или тресене), изтръпване и сетивни увреждания на крайниците, недостатъчност на мускулната координация, говорни и езикови увреждания, стесняване на полето на видимост, както и загуба на равновесие. Между август 1964 г. и юли 1965, голям брой хора, които проявяват симптоми, подобни на жертвите на болестта Минамата са регистрирани в долната част на речен басейн Агано в префектура Ниигата.

    Болестта Минамата е призната за болест от замърсяването на околната среда през 1968 г.. Правителството установени процедури за скрининг и официално сертифициране на жертвите на Минамата и плати обезщетение на хората, получили такъв сертификат. Въпреки че около 13 000 души подават молба, само 3000 получават сертификата. В резултат на това хората, на които е било отказано сертифициране, и следователно обезщетение, подават съдебни искове срещу националните правителство, префектурата и корпорацията Чисо. За тези хора, в повечето случаи, се е стигнало до споразумение с правителството през 1995 г. за плащане на еднократна сума на несертифицирани жертви със сетивни нарушения в крайниците. Около 10 000 души в префектурите Кагошима, Кумамото и Ниигата, включително и починалите, получават компенсации. Последните останали дела свързани с болестта Минамата за обезщетение от хора, които не са приели компенсациите през 1995 г., са окончателно решени през 2004 г. Върховния съд признава административна отговорност на националното правителство и префектура Кумамото. В знак на признание, през 2006 г. или 50години от официалното признаване на болестта Минамата, правителството обяви редица инициативи за предоставяне на допълнителна подкрепа на жертвите на болестта. То също така прие закон през юли 2009 г. във връзка със специалните мерки за предоставяне на помощ за жертвите на болестта Минамата.

    В Япония се наблюдаваха редица тежки форми на замърсяване на околната среда от 1960 до 1970. Освен болестта Минамата, поредица от други, свързани със замърсяването заболявания се появяват едно след друго, като заболяване Итай-итай, което избухна в речния басейн на река Джинзу в префектура Тояма, респираторни заболявания в промишлените центрове Токио-Йокохама, Нагоя и Осака-Кобе и хронично отравяне с арсен в района Тороку в префектура Миядзаки. Тези форми на замърсяване, са резултат на приоритетите за бърз икономически растеж и омаловажаването на стандартите за здравето и безопасността на хората. Последствията доведоха до строги регламенти в Япония за защита на околната среда от 1960 г. насам.

    Регламента относно емисиите от сажди и дим, влязъл в сила през 1962 г., се абсорбира в Закона за контрол на замърсяването на въздуха през 1968 г.. Закона за опазване на качеството на водите и Закона за контрол на отпадъчни води, които влизат в сила през 1958 г., бяха интегрирани в Закона за контрол на замърсяването на водите през 1970 година. Основния закон за противодействие на замърсяването, приет през 1967 г. се опита да създаде общи принципи и политики за контрол на замърсяването във всички правителствени агенции, както и за насърчаване на обединените усилия за почистване на околната среда. Основният закон посочва отговорностите на централното правителство, местните власти и фирмите по отношение на замърсяването. В допълнение, основния закон поставя рамка за установяване на стандарти за качество на околната среда, изготвяне на програми за контрол на замърсяването, както и подпомагане на жертви на заболявания, причинени от замърсяване.

    През 1993 г., Основния закон за контрол на замърсяването на околната среда е заменен с Основния закон за околната среда, който влиза в сила, за да се улесни прилагането на всеобхватни и систематични мерки за опазване на околната среда. Съгласно новия основен закон, в Япония активно се работи за насърчаване на опазването на околната среда в световен мащаб чрез международно сътрудничество и преосмисляне на потребителски практики в обществото. През 1997 г. бе приет Закон за оценка на въздействието върху околната среда. Този закон определя изискванията за оценка на въздействието върху околната среда на мащабни обществени и частни проекти.

    През 2001 г., Агенцията по околна среда, която е била създадена през 1971 г., бе повишена до ниво министерство и се превърна в Министерството на околната среда.

    Един проблем, който е станал основен в Япония е изхвърлянето на промишлени отпадъци от заводи и предприятия. Закона за управление на отпадъците и обществено прочистване от 1970 г. регламентира методите за изхвърляне на определени отпадъци, отделяни от заводи и предприятия, като сажди, утайки, отпадъци, масло, пластмаса, както и други отпадъци. Промишлените отпадъци в Япония възлизат на 436,6 милиона тона през фискалната 2008 г., което е около осем пъти обема на общите отпадъци от домовете и офисите.

    Закона за управление на отпадъците и обществено прочистване е преработен през юни 1997 г. и налага строги наказания за незаконно изхвърляне на отпадъци. Броят на случаите на незаконно изхвърляне намалява, но появата на няколко големи случаи през фискалните 2003 г. и 2004 г. подтикна Министерството на околната среда да увеличи броят на персонала за мониторинг на отпадъци и рециклиране.

    Размерът на общите (промишлени) отпадъци, генерирани в Япония надхвърля 50 милиона тона на година от 1990 г. насам. Това увеличи акцента върху рециклирането в Япония, където се наблюдава едно от най-високите нива на използване на рециклирана хартия в света. Влизането в сила на Закона за преработване на опаковки през април 1997 г. постави отговорността за рециклиране на полиетилен терефталат (PET) бутилки, стъклени бутилки, и хартиени и пластмасови опаковки върху производителя.

    Основният закон за установяване на стабилна цикъл на материалите в обществото влезе в сила през 2000 г. и служи като основа за всеобхватен и систематичен подход за преработването и рециклирането на отпадъци. Той бе последван от редица други нови закони за рециклиране, обхващащи конкретни области като домакински уреди, хранителни отпадъци, строителни материали, автомобили и персонални компютри.

    На международно ниво, Япония предложи "инициативата 3R" на срещата на върха на Г-8 през 2004 година. Одобрена от Г8, тази инициатива има за цел да насърчава 3Rs (намаляване, повторно използване и рециклиране) в световен мащаб с цел намаляване на количеството на отпадъците, повторно използване на материали, когато е възможно и рециклирането им, когато те не могат да бъдат използвани наново.

    Поради ограничената площ в Япония, осигуряване на пространство за боклука е важен въпрос. В Япония боклук се изгаря поради необходимост. Замърсяването с диоксин, освободен от заводи за изгаряне на боклук през 1990-те години се превръща в основен проблем в обществото. Терминът "диоксин" се отнася до съединение tetrachlorodibenzo-р-dioxin, който има склонност да се натрупват в тялото и да причинява рак и вродени дефекти.

    Законът за специални мерки срещу диоксина влезе в сила през 1999 година. Този закон включва разпоредби за регулиране на емисиите на диоксин, за мониторинг на ефектите върху здравето и околната среда, както и подготовката на плановете на правителството за намаляване на емисиите. Япония постигна целта си за намаляване на емисиите на диоксин през 2004 г., когато емисиите паднаха на нива 95% по-ниски от тези през 1997 г.. Дневните дози приет диоксин също е постоянно намаляват и изчисленията показват, че тези дози са по-малки от допустимата дневна доза от 4 пикограма на килограм телесно тегло.

    Като резултат от налагането на различни правила и наредби е постигнат значителен напредък в ограничаването на замърсяване на въздуха от заводите. Въпреки това, в основните градове в Япония замърсяването на въздуха с азотни оксиди и прахови частици, отделяни от моторните превозни средства, продължава да причинява здравословни проблеми. По-голямата част от праховите и приблизително 80% от азотните оксиди, излъчван от моторни превозни средства, се отделят от дизеловите двигатели. За да се справи с този проблем, през 2002 г. националното правителство приложи закони за ограничаване на праховите частици към вече съществуващите ограничения за азотни окиси. В допълнение, ограниченията, които се прилагат за камиони, автобуси и дизелови леки автомобили ограничават видовете превозни средства, които могат да бъдат използвани в определени големите градски райони.

    Недоволни от темпото на националните усилията на правителството за намаляване на замърсяването на въздуха, през 2003 г. префектурите Токио, Сайтама, Чиба и Канагава въведоха още по-строги правила, обхващащи емисиите на прахови частици от дизеловите камиони и автобуси. Превозните средства, които не отговарят на новите стандарти са заменени или са инсталирани специални филтри.

    Друг проблем в Япония е замърсяването на околната среда, причинено от най-модерните индустрии, като например производството на интегрални схеми. Замърсяване на подпочвените води е причинено от разтворители. Примери за това са трихлоретилен, който се използва за измиване на интегрални схеми и тетрахлоретилен, който се използва основно за сухо почистване. И двата химикала са канцерогенни. Закона за контрол на замърсяването на водите е преработен през 1989 г. и включва разпоредби за ограничаване на токсични вещества в подземните води, включително и тези два химикала. При по-нататъшно преразглеждане на закона през 1996 г., бяха предоставени права на областните управители на да разпореждат на замърсителя да отговаря за почистването.

    Голямото земетресение в Източна Япония и последвалото го цунами през март 2011 г. причиниха повреди в над 270 000 сгради. Развалините и останките от сгради, включително разрушените лодки, коли и др, както и тези, изхвърлени на брега общо надхвърлят 24 милиона тона. Националното правителство взе спешни мерки за събиране и унищожаване на тези отпадъци в засегнатите градове и села и покри разходите за почистване на местните власти.

    Правителството също осъществява наблюдение на околната среда и измерване на радиоактивността във въздуха и водата след изтичането на радиоактивни вещества след аварията в АЕЦ Фукушима 1 на компанията Токио Електрик, който беше повреден от цунамито.

    Правителството е предприело мерки срещу различни други форми на замърсяване и нарушаване на околната среда, включително шум, вибрации, слягане на земята, неприятни миризми и замърсяване от селскостопански химикали. Броят на жалби за шум е по-голям, отколкото за всеки друг вид замърсяване. Най-голям брой жалби се отнасят за шума причинен от заводите, при строителството, автомобилния трафик, летищата и жп превоза са причина за значителен брой жалби.