Историята на религията в Япония е дълъг процес на взаимни влияния между различни религиозни традиции. За разлика от Европа, където християнството поглъща местните езически култове, в Япония исконната религия шинто продължава да бъде част от живота на хората от най-ранните времена на съществуването на японските племена, то да днес. Когато будизмът е пренесен в Япония през 6 в., вярванията на шинто и будизма започват да си оказват взаимно влияние. Това е определяща характеристика на японската религия. Най-забележителният пример за такова взаимно проникване е теорията за „хонджи суиджаку”, в която духовете ками, характерни за шинто, са представени като преродени будистки божества. Конфуцианството и даоизмът са други два религиозни течения, внесени отвън и изиграли важни роли в японското общество за период от над 1000 години. Конфуцианските схващания са оказали основно влияние върху японската етическа и политическа философия в периода на формиране на японския нация (от 6 в. до 9 в.) и отново през периода Едо (1603-1868 г.).Макар и по трудно от конфуцианското, религиозното влияние на даоизма върху живота на хората може да се открие във все още продължаващата употреба на китайския календар, както и в популярните вярвания като тези за предсказване на късмета и определяне на щастливи посоки.

    Думата „шинто”, която често се превежда като „Пътят на боговете”, се изписва с два китайски йероглифа. Първият се произнася самостоятелно като „ками” и означава „бог”, „божество”, „божествена сила”, а вторият йероглиф означава „път”. С въвеждането на системата на оризовите полета през периода Яйои (300 г. пр. Хр. – 300 сл. Хр.), започват да се развиват земеделските ритуали и фестивали, които впоследствие се превръщат в неразделна част от шинто. Макар че думата „ками” може да се използва и само за едно божество, тя може да служи и като колективно наименование на хилядите богове, които са централен обект на поклонение в Япония още от периода Яйои. Духовете ками са част от всички аспекти на живота и се проявяват в различни форми. Това са духовете на природата, които обитават свещени камъни, дървета, планини и други природни феномени. Има родови духове, наречени още „уджигами”, които първоначално са били божествата-закрилници на определени кланове, като често под тях се подразбира обожествен праотец от този клан. Това са т. нар. „та-но ками” или духове на оризовите полета, които се почитат по време на фестивали, свързани засаждането на ориза и прибирането на реколтата. Съществуват и т. нар. „икигами”, които са живи обожествени хора. Духовете „ками”, които най-много напомнят на божества в контекста на Западния светоглед са божествените същества, които обитават Такамага-хара (Високата Небесна равнина). Те се предвождат от богинята на слънцето Аматерасу Омиками, почитана в храма Исе, който е и главното шинто светилище в Япония.

    Отчасти като реакция на навлезлите през 6 в. в Япония изключително структурирани будистки доктрини, местните японски вярвания и ритали, които присъстват навсякъде, но са неорганизирани, започват постепенно да се систематизират под формата на шинто. Желанието да се придаде легитимност на императорската династия, стъпила здраво върху основанията на митологията и религията, довежда до създаването на сборниците „Коджики” („Записки за древните дела”) през 712 г. и „Нихоншоки” („Хрониките на Япония”) през 720 г. Проследявайки династичната линия назад във времето към митичната ера на боговете, тези книги разказват как боговете Изанами и Изанаги създали японските острови и основните богове Аматерасу Омиками (богиня на слънцето), Цукуйоми-но Микото (бога на луната), Сусаноо-но Микото (бога на вятъра и бурите) и др. Смята се, че пра-пра внукът на богинята Аматерасу е легендарният Джимму, първият император на Япония.

    Отсъствието на официални свещени писания в шинто отразява липсата на някакви определени морални предписания. Шинто акцентира преди всичко върху ритуалната чистота в отношенията на хората с божествата ками.

    Възникнал в Индия 5 в. пр. Хр., будизмът се разпространява в Китай през 2-3 в. сл. Хр., а в средата на 6 в. достига Япония през Корея, когато кралят на държавата Пекче на Корейския полуостров изпраща на японския император будистка статуя и преписи от будистки сутри. Будизмът бързо се разпространява сред висшите класи на японското общество след като влиятелният про-будистки клан Сога побеждава анти-будистките фракции. Принц Шотоку (574-622), който оказва височайша подкрепа за построяването на основните будистки храмове като Хорюджи (в префектура Нара), се счита за истинския основател на будизма в Япония.

    Император Шому (701-756) обявява будизма за официална държавна религия и построява храма Тодайджи в Нара и огромната статуя на Буда вътре в храма. Въпреки това обаче, паралелното съжителство на шинтоизма и будизма продължава. Шестте основни будистки секти в Нара, които отговарят за ритуалите за благополучие на народа, са предимно теоритично-академични и имат слабо влияние върху обикновените хора. В ранните години на периода Хейан (794-1185) монахът Сайчо (767-822) представя идеите на будистката секта Тендай в Япония, а Кукай, известен още като Кобо Дайши (774-835) – прави това с идеите на сектата Шингон. Тези две течения на езотеричния будизъм се превръщат в най-влиятелните секти в японския императорски двор.

    През периода Камакура (1185-1333) в японския будизъм се формира в условията на две важни явления. Първото е основаването на школата на дзен будизма в Япония от Ейсай (1141-1215), основател на сектата Риндзай. Впоследствие дзен е модифициран от Доген (1200-1253) основател на сектата Сото. Дзен доктрината е приета добре от военния елит на Япония от онова време благодарение на нейната директност и фокусирането върху самодисциплината и медитацията. В дзен практиката се използва медитация в седнало положение, наречена „дза-дзен”, както и ирационални гатанки, наречени „коани”, като средства за достигане на просветление („сатори”). Основната разлика между врете дзен секти е, че Риндзай отдава по-голямо значение на коаните за разлика от Сото.

    Другото важно събитие през този период е рязкото увеличаване на популярността на будисткото учение сред обикновените хора. Това явление включва появата на т.нар. секти на Чистата земя, които проповядват, че произнасянето на името на Буда Амида е най-добрият начин за постигане на прераждане в Западния рай на Амида, както и на сектата Ничирен, която поставя ударение върху рецитирането на заглавието на Лотосовата сутра.

    През периода Едо (1603-1868) шогунатът Токугава изисква всеки човек да бъде зачислен към някой будистки храм, в опит да контролира населението и да унищожи започналото да се разпространява християнството в страната. Тази стъпка подсигурила голям брой членове на храмовете, но не допринесла за облика на будизма като жива религия. В Началото на периода Мейджи (1868-1912), тази система се разпада след вълна на анти-будистки настроения, подбуждани от желанието на правителството да премахне влиянието на будизма от шинто храмовете и да направи шинтоизма държавна религия. В отговор на тази политика и в условията на променящата се социална среда в модерната епоха, будизмът се опитва да преоткрие своята роля в Япония.

    Разпространението на християнството в Япония може да бъде ясно разделено на три периода – първите контакти с християнството от средата на 16 в.; повторното му навлизане след повече от 200 на самоизолация на държавата до средата на 19 в. и времето след Втората световна война.

    Йезуитският мисионер Франциск Ксаверий акостира в пристанището в Кагошима през август 1549 г. Център на дейността на йезуитите става остров Кюшу, най-южният от четирите големи острова на Япония. До 1579 г. католическата вяра приемат 6 едри феодални владетели даймьо, а общият брой на всички покръстени японци е около 100 хил. души. Усилията на йезуитите са приемани благосклонно от военния предводител Ода Нобунага и първоначално от владетеля Тойотоми Хидейоши. Все пак, вероятно поради нарастващото влияние на католиците в Кюшу, по-късно Хидейоши се обръща против християните и през 1579 г. разпъва показно на кръст 26 от тях в Нагасаки. След като Токугава Йеясу поема де факто властта в страната през 1600 г., той първоначално се отнася толерантно към мисионерите, но през 1614 г. военното правителство на Токугава забранява християнството със закон и изгонва мисионерите от страната. По това време в Япония има над 300 хил. японци-католици. Смята се, че около 3000 от тях са екзекутирани, а голям брой от останалите се отказват от вярата си заради гоненията. Други пък продължават тайно да изповядват християнството.

    След като Япония изоставя своята политика на самоизолация, чуждите мисионери се връщат в страната през 1859 г., макар че действащите закони не им позволяват да проповядват открито до 1873 г. През този период над 30 хил. тайни християни излизат от нелегалност – те са съумели да запазят тайно вярата си в продължение на над 200 години на преследвания. Католическите и протестантските мисии през този период са доста активни и макар броят на новообърнатите да е сравнително малък, християните имат доста силно влияние в системата на образованието и в синдикалното движение. Активизирането на национализма и популяризирането на посещението на шинтоистки храмове като патриотичен дълг прави 30-те години на 20 в. трудно време за много християни.

    Християнската дейност непосредствено след края на войната е подкрепяна от окупационните власти в Япония, но придобивките са незначителни. През 2006 г. като християни се определят 2.36 млн. японци, което е по-малко от 1.2% от населението на страната. Въпреки растящата популярност на формалните сватбени церемонии по християнски обред, християнството като религия вероятно за мнозина японци е нещо чуждо и привнесено отвън.Тъй като познанията за християнството и интересът към него през годините расте, то със сигурност не е непозната за японците религия. Това обаче не води до голямо увеличаване на броя на вярващите християни. Една от вероятните причини за това е акцентът върху вярата в единия Бог, която изисква пълно отхвърляне на по-либералния политеизъм на шинтоизма и японския будизъм.

    Урбанизацията в страната е откъснала много японци от тяхната семейна принадлежност към определен будистки храм или шинтоистко светилище. Все пак, мнозина считат себе си едновременно за шинтоисти и будисти. Статистиката на Агенцията по културните въпроси за 2006 г. показва общо изповядване на двете религии от около 196 млн. Японци, което е около с 53% повече от общия брой на населението в страната. В религиозния свят на японците шинтоизмът и будизмът по-скоро мирно съжителстват един с друг, отколкото да са в конфликт. За средностатистическия японец религиозната принадлежност не означава непременно регулярно богопочитане или присъствие в храма. Повечето хора посешават храмове и светилища по време на празници и ритуали, които са неизбежно свързани с човешкия живот. Ежегодните празници, по време на които хората посещават храмовете, могат да бъдат свързани с даден храмов фестивал, първото посещение на храма или светилището през годината („хацумоде”), посещение на семейната гробница по време на О-Бон. Ритуалите, свързани с основните етапи в живота на японеца, са първото посещение на шинтоисткото светилище на новороденото бебе („миямаири”); детският фестивал Шичи-го-сан, по време на който храмовете посещават 3 и 5-годишните момчета и 3 и 7-годишните момичета, шинтоисткият сватбен ритуал и будисткото погребение.

    Най-очевидното развитие в религиозно отношение в Япония през 20 в. беше появата и разпространението на голям брой нови религии и религиозни течения. Ученията на тези религии компилират различни традиции и аспекти от шинтоизма, будизма, конфуцианството, даоизма, народните вярвания и шаманизма. Основателите на новите религии често се възприемат като живи божества („икигами”). Смята се, че една от привлекателните черти на новите религии е усещането за общност, което дават на хората, на които им липсва душевната и духовната подкрепа, исторически осигурявани от голямото семейство, местната общност и традиционните религии. Опасните аспекти на новите религии като строгия контрол, който се упражнява върху живота на адептите, е обект на по-засилено обществено внимание след атаката с отровен газ зарин на токийското метро през 1995 г. В инцидента загинаха 12 души, а над 1000 други пострадаха, като атентатът беше разкрит като дело на религиозния култ Аум Шинрикьо.

Религиозни институции в Япония